Данный
раздел будет содержать краткую информацию о разнообразных ресурсах, касающихся
высокопроизводительного секвенирования, или NGS
(акроним от англ. Next Generation Sequencing). Первоначальный
вариант оформления, который будет использован для решения поставленной задачи,
я решил свести к обычной таблице. Эта таблица будет заполняться постепенно, по
мере нахождения и оформления соответствующей информации. Более того, возможно в
будущем необходимо будет поменять дизайн этой страницы, но это в будущем.
Ресурс
|
Источник
|
Краткое описание
|
Базы
данных
|
||
(акроним
от англ. European Nucleotide Archive)
|
http://www.ebi.ac.uk/ena
|
Ресурс
предоставляет свободный доступ к мировой коллекции нуклеотидных последовательностей,
включая первичные данные (“сырые данные” или raw
data), сборки сиквенсов и функциональную аннотацию.
|
https://www.encodeproject.org
|
Ресурс
предоставляет свободный доступ к разнообразным данным, которые были получены международным
консорциумом ENCODE с помощью
высокопроизводительных технологий, включая NGS
технологии.
|
|
(акроним от англ. Gene Expression Omnibus)
|
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo
|
Один
из самых обширных репозиториев, где в свободном доступе находятся данные, полученные
с помощью разнообразных микроэррей-платформ и технологий высокопроизводительного
секвенирования. База снабжена несколькими инструментами для поиска, первичного
анализа и скачивания данных.
|
http://www.1000genomes.org
|
Ресурс
предоставляет свободный доступ к NGS данным, которые
были сгенерированы международным консорциумом 1000 Genomes Project в период с
2008 по 2015 годы.
|
|
(акроним от англ. Sequence Read Archive)
|
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
|
Архив содержит большой объем первичных, а также обработанных данных, полученных на таких платформах для высокопроизводительного секвенирования, как Roche 454 GS
System®, Illumina Genome Analyzer®, Applied Biosystems
SOLiD System®, Helicos Heliscope®, Complete Genomics®
и Pacific Biosciences SMRT®.
|
Геномные обозреватели
|
||
http://www.ensembl.org
|
Геномный обозреватель разработан и поддерживается сотрудниками European Bioinformatics Institute и Wellcome Trust Sanger Institute. Обозреватель позволяет
создавать пользовательские треки на основе файлов в форматах BAM/CRAM, BED, BedGraph, BigBed, BigWig, GFF, GTF, PSL, VCF, WashU и WIG.
|
|
https://www.broadinstitute.org/igv
|
Интегрированный
геномный обозреватель, который устанавливается на локальный компьютер и
позволяет работать с разнообразными форматами файлов, включая BAM, BED, BigBed, BigWig, GFF, GTF и WIG.
|
|
https://genome.ucsc.edu
|
Геномный обозреватель разработан и поддерживается сотрудниками Genome Bioinformatics Group из Genomics Institute при University of California (Santa Cruz). Обозреватель позволяет создавать пользовательские треки на основе файлов в форматах BAM, BED, BEDdetail, BedGraph, BigBed, BigGenePred,
BigWig, broadPeak, GFF, GTF, MAF, narrowPeak, Personal Genome SNP, PSL, VCF и WIG.
|
Комментариев нет:
Отправить комментарий