Парадигма картирования seed-and-vote: глобальное картирование RNA-seq ридов.

Библиотека Rsubread содержит два готовых к использованию элайнера: Subread и Subjunc. Первый из них проводит только локальное картирование и подходит как для работы с DNA-seq, так и RNA-seq ридами. Однако в случае с RNA-seq ридами этот элайнер не может картировать те риды, которые попадают на области стыков двух экзонов. Для таких случаев нужно глобальное картирование, при котором допускается, что разные части некоторых ридов на уровне генома могут иметь разное происхождение. Такое картирование способен провести элайнер Subjunc, стратегия работы которого схематически показана на рисунке.

Просто новости.

Это сообщение приходится на первый день весны и будет включать три короткие новости. Во-первых, в силу специфики профессиональной деятельности мне приходится постоянно разрабатывать презентации как для учебного процесса, так и в рамках научной деятельности. Разработка каждой презентации требует немало усилий, но после того, как лекция или доклад завершился презентация просто "пылится" у меня на компьютере, а могла бы приносить больше пользы для интересующихся. Поэтому я сделал дополнительную закладку на своей профессиональной странице, куда будут выкладываться такого рода презентации в свободный доступ.

Вторая новость аналогична первой, но касается R-кодов, которые мною разрабатываются при решении ряда аналитических задач. Как правило, они тщательно проработаны, прокомментированы и могли бы, возможно, приносить пользу другим R-пользователям, а не "пылится" у меня на рабочем компьютере. Для этого я сделал еще одну закладку на своей профессиональной странице, куда и буду выкладывать исходные коды по мере их разработки, проверки и решения тех задач, для которых они создавались.

Наконец, третья новость, возможно, будет интересна тем, кто еще не владеет языком программирования R, но планирует приступить к его изучению. Среди ряда сообщений, которые я ежедневно получаю по разнообразным подпискам, пришла ссылка на базовое руководство по R от AnalyticsVidhya, которое мне показалось вполне сносным. Хотя, впрочем, оно точно не лучше, чем содержание блога "R: Анализ и визуализация данных", который ведет мой бывший коллега Сергей Эдуардович Мастицкий.