среда, 17 февраля 2016 г.

Новости из мира РНК.

То, что альтернативный сплайсинг может приводить к образованию существенно различающихся по своим структурным и функциональным возможностям белков стало известно еще лет 20-25 назад. Классический пример тому – последствия альтернативного сплайсинга предшественников мРНК гена BCL2L1 (он же BCL-X). Благодаря альтернативному сплайсингу этот ген дает две изоформы Bcl-2-подобного белка 1 – длинную и короткую, которые обладают анти- и про-апоптотической активностью, соответственно. Известны и еще примеры, но они не так уж и многочисленны, и меня все время терзали смутные сомнения – а действительно ли это распространенное явление или же на самом деле речь идет об единичных случаях?

суббота, 6 февраля 2016 г.

Парадигма картирования seed-and-vote: индексация генома.

В подавляющем большинстве случаев обязательным, неизбежным и неотвратимым шагом в анализе данных NGS является картирование (или выравнивание) полученных ридов относительно референсного генома (или иной, интересующей исследователя, нуклеотидной последовательности). В свою очередь этому шагу предшествует индексация референсного генома: преобразование большого генетического текста в компактную хеш-таблицу (hash table), позволяющую быстро определять геномное происхождение ридов из .fastq файла.

Новости из мира РНК.

Не секрет, что изучать то, что стабильно, надежно детектируется, присутствует в достаточных количествах, хорошо воспроизводится гораздо легче, чем то, что едва уловимо, скоротечно, неустойчиво. Так же и в транскриптомике – основные усилия исследователей направлены на изучение зрелых форм мРНК, а вот чрезвычайно неустойчивые промежуточные формы (например, только-только зарождающиеся в процессе транскрипции молекулы пре-мРНК, или nascent RNA), которые существуют в клетке очень короткое время, остаются почти без внимания. И ключевая причина сего – отсутствие надежных и эффективных методов их изучения. Вот почему появление новых методов зачастую приводит к «взрыву» работ в таких областях.