То, что альтернативный сплайсинг может приводить к образованию
существенно различающихся по своим структурным и функциональным возможностям
белков стало известно еще лет 20-25 назад. Классический пример тому – последствия
альтернативного сплайсинга предшественников мРНК гена BCL2L1 (он же BCL-X). Благодаря альтернативному
сплайсингу этот ген дает две изоформы Bcl-2-подобного белка 1 – длинную и короткую, которые
обладают анти- и про-апоптотической активностью, соответственно. Известны и еще
примеры, но они не так уж и многочисленны, и меня все время терзали смутные
сомнения – а действительно ли это распространенное явление или же на самом деле
речь идет об единичных случаях?
Блог посвящен проблемам организации и функционирования транскриптома эукариотических клеток: от сетевой организации систем контроля экспрессии генов до закономерностей сплайсинга. Особое внимание уделяется высокопроизводительным методам анализа транскриптома и методам обработки эмпирических данных. В частности, ряд сообщений посвящено методам геномного и полнотранскриптомного секвенирования и анализу полученных данных с помощью программных средств, созданных в среде программирования R.
среда, 17 февраля 2016 г.
суббота, 6 февраля 2016 г.
Парадигма картирования seed-and-vote: индексация генома.
В подавляющем
большинстве случаев обязательным, неизбежным и неотвратимым шагом в анализе
данных NGS является картирование (или выравнивание) полученных
ридов относительно референсного генома (или иной, интересующей исследователя,
нуклеотидной последовательности). В свою очередь этому шагу предшествует
индексация референсного генома: преобразование большого генетического текста в
компактную хеш-таблицу (hash table), позволяющую быстро определять геномное
происхождение ридов из .fastq файла.
Новости из мира РНК.
Не
секрет, что изучать то, что стабильно, надежно детектируется, присутствует в
достаточных количествах, хорошо воспроизводится гораздо легче, чем то, что едва
уловимо, скоротечно, неустойчиво. Так же и в транскриптомике – основные усилия
исследователей направлены на изучение зрелых форм мРНК, а вот чрезвычайно неустойчивые
промежуточные формы (например, только-только зарождающиеся в процессе транскрипции
молекулы пре-мРНК, или nascent RNA), которые существуют
в клетке очень короткое время, остаются почти без внимания. И ключевая причина
сего – отсутствие надежных и эффективных методов их изучения. Вот почему
появление новых методов зачастую приводит к «взрыву» работ в таких областях.
Подписаться на:
Сообщения (Atom)